Linkovi

PCR test razlikuje gripu od COVID-19


A doctor's assistant takes a smear for a PCR corona test in a medical practice in Berlin, Germany, Thursday, Oct. 8, 2020.

Tvrdnja da PCR test ne može razlikovati da li osoba ima virus gripe ili virus SARS-CoV-2 nije tačna. Ovi testovi su dovoljno osjetljivi i ciljaju vrlo specifične dijelove genetičke informacije virusa i ne može se desiti da osoba koja ima jedan virus, recimo virus gripe, bude pozitivna na PCR testu koji je „skrojen“ da se detektuje SARS-CoV-2 („novi koronavirus“), koji izaziva COVID-19.

Veliki porast broja osoba koje su pozitivne na SARS-CoV-2, što se najviše povezuje s dolaskom nepovoljnog vremenskog perioda suhog zraka koje pogoduju širenju virusa te promjenama u ponašanju ljudi, kod nekih je izazvao sumnju da pozitivne osobe zapravo nemaju COVID-19, nego gripu. Gripa, respiratorno oboljenje koje je izazvano infekcijom nekoliko međusobno srodnih virusa, ima slične glavne simptome kao COVID-19, temperatura i kašalj, te je samo pomoću simptoma teže razlikovati ova dva oboljenja.

I prije pojave COVID-19 konačni test na gripu je bio putem PCR tehnologije. Međutim, bar u našoj zemlji, ovaj test je obično rađen tek kod hospitaliziranih slučajeva, dok bi mnogo više osoba preboljelo gripu kod kuće, a da nikada nije potvrđeno da se radilo o gripi i kojem tačno soju virusa. Međutim, s pojavom COVID-19 potrebno je razlučiti ove dvije bolesti, a to je moguće jedino PCR-om.

Virusi gripe nisu srodni virusu SARS-CoV-2

Čak postoje i tvrdnje da bilo koji virus koju osoba trenutno ima u organizmu može utjecati na to da PCR test na SARS-CoV-2 bude pozitivan. Virusi gripe, kakvi su H1N1 i H3N2 nisu srodni virusu SARS-CoV-2, a genetički materijal koji se traži u PCR detekciji ovih virusa je pažljivo odabran tako da ne dolazi do preklapanja, što znači da se ne može dogoditi da osoba koja ima jedan virus na testu bude pozitivna na drugi. Jedina mogućnost da do ovoga dođe bi bila kontaminacija uzorka.

COVID-19 RT-PCR testovi detektuju genetičke sekvence karakteristične samo za virus SARS-CoV-2, koje se ne mogu naći u drugim RNK virusima. Osoba koja boluje od gripe, morbila, rubeole neće biti pozitivna na ovom testu. Također, već na samom početku pandemije, razvijen je protokol za ovaj test u kojem je provjereno da li je on dovoljno specifičan upravo na SARS-CoV-2 kako ne bi pogrešno detektovao druge koronaviruse koji inficiraju ljude, a kojih ima 6 od koji su 4 bezopasna i dva – SARS i MERS – opasna.

Premda postoji mogućnost lažno pozitivnog i lažno negativnog rezultata PCR testova, uzroci za ovo imaju sasvim drugu prirodu – prerano ili prekasno uzimanje uzorka, kontaminacija uzroka ili nepravilno uzimanje uzorka.

Osjetljivost PCR-a

A health worker takes a sample for a PCR test for the COVID-19 coronavirus at a hospital in Coslada, Spain, Monday, April 20, 2020.
A health worker takes a sample for a PCR test for the COVID-19 coronavirus at a hospital in Coslada, Spain, Monday, April 20, 2020.

PCR je dovoljno osjetljiva tehnika da se može koristiti u različite svrhe, ne samo u dijagnostici, nego i u otkrivanju da li u nekom uzorku hrane ima materijala iz genetički modificiranih organizama. Jedan dio komponenti potrebnih za ovu, u suštini biohemijsku reakciju, je univerzalan, poput destilovane vode, magnezijum sulfata i posebnog enzima zaduženog za produžavanje lanca molekule DNK (Taq polimeraza). Oni specifični resursi potrebni za ovu rekaciju su prajmeri – početnice, a to su dijelovi ciljane genetičke genetičke sekvence koji započinju reakciju umnožavanja DNK (ili prepisane molekule RNK ako ciljamo RNK virusae).

Sve ovo zvuči jako komplikovano, ali najlakše je objasniti da su ti prajmeri zapravo „urneci“, „šabloni“, prvi dijelovi teksta genetičke poruke koju PCR metodom nastojimo uhvatiti. Oni su ti koji moraju biti dovoljno specifični da bi nam pokazali ima li u materijalu koji ispitujemo onoga što tražimo. I prvi protokoli, poput berlinskog Charite PCR protokola na kojima se zasnivaju sadašnji „recepti“ za PCR na SARS-CoV-2 su odabrali prajmere sekvenci koje su visokospecifične upravo za ovaj virus. Različiti testovi na SARS-CoV-2 pokušavaju detektovati E, S, N, ORF1ab i RdRP gen ovog virusa i većina testova zapravo detektuje dva gena od ovih spomenutih. Klinička senzitivnost PCR testova na ovaj virus varira od 92% do 100% (sposobnost da detektuju genetički materijala ovog virusa), a klinička specifičnost varira od 99% do 100% u idealnim uslovima (sposobnost da test razlikuje ovaj virus od nečega drugog). Podaci o kliničkoj senzitivnosti i specifičnosti su prema prema radu iz časopisa Diagnostics iz jula ove godine.

U ranim fazama pandemije, postojala je mogućnost nespecifičnosti PCR testa na još neki koronavirus poput HKU1, što se moglo tada tolerisati, tim prije što simptomi infekcije HKU1 koronavirusom nisu ni izbliza tako teški i karakteristični kao simptomi infekcije SARS-CoV-2. Tu mogućnost je u jednom od prethodnih tekstova na glasu Amerike o preciznosti RT-PCR testova na novi koronavirus spomenuo i dr. Rijad Konjhodžić. Povodom spekulacija da RT-PCR-test na SARS-CoV-2 nije dovoljno specifičan, odnosno da može zamijeniti prisustvo nekih drugih patogena s virusom SARS-CoV-2, oglasio se i poznati bh. genetičar Damir Marjanović:

„Rađena je optimizacija RT-PCR testa na SARS-CoV-2 primarno putem multitargetinga, i ciljanom amplifikacijom više regiona. U ovome regionu kruži više komercijalnih kitova. U BiH se jako mnogo koristio LabGun Covid 19 assay koji dolazi iz Južne Koreje i koji istovremeno detektuje RdRp gen (specifičan za SARS-CoV-2) i E gen (skrining marker za srodne korona viruse). Još jedan korejski kit Genfinder Covid-19 plus kit je targetirao ORF1ab region i on se često koristio u regionu. Turci su razvili zanimljiv kit koji se isto koristio u BiH i koji detektuje dvije regije u istoj reakciji i to E gen koji je prisutan u SARS-CoV-2 virusu ali i srodnim virusima i ovo je bio skrining marker na koronaviruse i ORF1ab karakterističan za SARS-CoV-2. U zadnje vrijeme Roche dominira u EU sa potpuno automatskom Cobas platformom.“

U uputstvima za kitove PCR testova na SARS-CoV-2 spominje se i istraživanje unakrsne reaktivnosti ovog testa na druge patogene entitete u mikrobiomu respiratornog trakta. U uputstvima kod Fosun COVID-19 RT-PCR Detection Kit u Tabeli 7. navedeno je kako je metodama kompjuterskog modeliranja (in silico) ispitana specifičnost ovog testa na 43 konstituenta respiratorne flore kako bi se pokazalo da je ovaj test specifičan samo i samo na SARS-CoV-2 tj. sve javno dostupne sojeve ovog virusa. Kompjutersko-algoritamsko modeliranje nije bilo dovoljno, nego se u Tabeli 8. istog uputstva nalaze rezultati unakrsnog testiranja samog testa na uzorke koji sadrže različite humane rinoviruse, adenoviruse, viruse parainfluence i druge te nekoliko bakterija (HiB, Legionella pneumophila, Bordetella pertusis i još neke) da se pokaže kako ovaj test na SARS-CoV-2 ima zadovoljavajuću specifičnost baš na ovaj virus:

„The result of wet testing showed that the Fosun COVID-19 RT-PCR kit exhibited satisfactory analytical specificity and had no cross-reactivity with virus and microbes tested“ (prevod: Rezultat testiranja je da Fosun COVID-19 RT-PCR kit pokazuje zadovoljavajuću analitičku specifičnost i nema unakrsnu reaktivnost s testiranim virusima i mikrobima).

Slična testiranja su morali proći i drugi kitovi PCR testova, drugih proizvođača.

Suštinski, sve ovo se može svesti na samo jednu rečenicu: RT-PCR testovi na SARS-CoV-2 su dovoljno specifični upravo na ovaj i samo ovaj virus. U kombinaciji s epidemiološkom anketom i opisom kliničke slike, PCR test je vrlo validno dijagnostičko sredstvo. Treba napomenuti da se u praksi ovaj test i koristi samo u kombinaciji s opisom simptoma. Dakle, ne može neko imati gripu ili veliki kašalj ili bilo koje drugo oboljenje koje se manifestira simptomima kašljanja, temperature i opšte slabosti, a da ga ovaj test proglasi pozitivnim na SARS-CoV-2.

Mišljenje da RT-PCR može zamijeniti SARS-CoV-2 s nekim drugim patogenima (virusima ili bakterijama) je dezinformacija, nastala najvjerovatnije usljed slabog razumijevanja originalnog teksta uputstva.

U posljednje vrijeme se rapidno razvijaju testovi 2u1 koji bi mogli u jednom brisu razlučiti da li je riječ o virusima gripe ili SARS-CoV-2. Takvi testovi bi uštedjeli vrijeme i muke osoblju i pojedincima koji se testiraju, jer ne bi morali dva puta da se izlažu neugodnoj proceduri uzimanja brisa. Razvoj ovakvih testova nije nipošto zbog toga što PCR testovi ne razlikuju virus gripe i novi koronavirus, nego da bismo efikasnije i brže dobili rezultate o kojem se respiratornom oboljenju radi.

Komentari

XS
SM
MD
LG