Predsjednik Bush je ušao u 2006. godinu praćen kontroverzom oko njegove odluke da ovlasti američku Nacionalnu sigurnosnu agenciju, NSA, da prati telefonske razgovore i elektroničke poruke osoba na tlu Sjedinjenih Država. Kako iz Bijele kuće izvješćuje Paula Wolfson, gospodin Bush kaže da je taj program praćenja ključno pomagalo u ratu protiv terorizma.
Program praćenja odnosi se samo na pozive ili elektroničke poruke pri kojima je jedna od osoba izvan Sjedinjenih Država, a za nju se vjeruje da održava veze s al-Qaidom. Prema predsjedničkoj odredbi, ne treba se provoditi propisana procedura u kojoj sud treba odobriti takvo prisluškivanje. List "New York times" objavio je vijest o tajnoj operaciji prisluškivanja sredinom prosinca. Otada, predsjednik se jako trudi da obrani program, rekavši da su oni koji su objelodanili postojanje tog programa štete nacionalnoj sigurnosti Sjedinjenih Država.
Gospodin Bush je ponovno govorio o toj temi nakon posjeta ranjenim vojnicima u Teksasu: "Mi smo u ratu, a, kao vrhovni zapovjednik, ja moram koristiti sve načine koji su mi dostupni u okvirima zakona da zaštitim američki narod. I to je upravo ono što i radimo."
No, neki kritičari ukazuju da je administracija možda rastegnula zakon. Oni navode ustavnu zaštitu od nerazumnih pretresa i pritvora, te ističu da čak i u slučajevima kada je važna svaka minuta postoji opcija retroaktivnog sudskog naloga.
Novinari su upitali predsjednika Busha o izvješćima da je jedan visoki dužnosnik Ministarstva pravosuđa propitivao zakonitost programa znatno ranije nego što je javnost saznala za njegovo postojanje. Gospodin Bush je odgovorio da se radi o vrlo važnom programu koji je stalno pod kontrolom i, uz to, ograničenog je obujma. "Program prisluškivanja, koji vodi NSA, odnosi se samo na nekoliko brojeva iz inozemstva, bilo od poznatih pripadnika al-Qaide ili njihovih suradnika. Drugim riječima, ako neprijatelj zove nekoga, mi moramo znati koga zovu i zašto."
U Senatu se planira rasprava o tom pitanju. Najviše rangirani demokrat u Senatskom odboru za pravosuđe, Charles Schumer, iz New Yorka, kaže da želi da najviši dužnosnici administracije svjedoče pred Senatom, te se nada da će Bijela kuća surađivati u istrazi. Senator Schumer je istaknuo da je ravnoteža između sigurnosti i slobode vrlo krhka, ali, dodao je, ako je predsjednik smatrao da je postojeći zakon o prisluškivanju problematičan, trebao je zajedno s Kongresom poraditi na iznalaženju rješenja.
