Posjeta stiže u trenutku dok traju pregovori oko mirovnnog sporazuma za rat koji je počeo 2001. godine.
Šanahan je rekao novinarima koji su putovali sa njim da želi da naglasi afganistanskim zvaničnicima važnost njihovog angažmana u diskusijama o tome šta se događa u zemlji.
"SAD su značajno, značajno investirale u obezbjedjivanje sigurnosti, ali Afganistanci moraju da odluče o svojoj budućnosti", rekao je.
Vlada afganistanskog predsjednika Ašrafa Ganija nije dio tekućih pregovora između američkog izaslanika Zalmaja Kalilzada i talibana.
Kalilzad je rekao prošle nedjelje da vjeruje da mirovni sporazum može da bude postignut prije predsjedničkih izbora u Afganistanu u julu. On i njegov tim trebalo bi da se susretnu sa talibanima ponovo u Kataru 25. februara, u nastavku razgovora.
Šanahan je rekao da Pentagon "igra ključnu ulogu u olakšavanju dijaloga oko ovih okvirnih rasprava" i da radi u bliskoj koordinaciji sa državnim sekretarom SAD Mike Pompeom i savjetnikom za nacionalnu bezbjednost John Boltonom.
"Upravo sada oni su u fazi - koje sve mogućnosti postoje i koja strana bi trebalo da razgovara sa kim", rekao je Šanahan novinarima.
Takođe je rekao da nije dobio instrukcije da smanji broj trupa SAD raspoređenih u Avganistanu.
"Mislim da je prisustvo koje želimo u Afganistanu ono koje obezbjeđuje odbranu naše zemlje i regionalnu stabilnost. I bilo kakva preoblikovanje obavljaće se u koordinaciji i na disciplinovan način", rekao je Šanahan.