Redovni let je obavljala aviokompanija Swiftair u ime DHL-a, a avion je poletio je iz Lajpciga u Njemačkoj.
Srušio se oko 03:30 GMT dok se približavao odredišnom aerodromu radi slijetanja, rekao je portparol litvanskog Nacionalnog centra za upravljanje krizama.
Policija i tužioci istražuju incident, ali ništa ne ukazuje na to da je eksplozija prethodila nesreći, rekao je portparol.
"U ovom trenutku nemamo nikakve podatke da je došlo do eksplozije", rekao je on.
Šef kontraobavještajne službe Darijus Jauniskis rekao je novinarima: "Ne možemo da odbacimo mogućnost terorizma... ali u ovom trenutku ne možemo da pripisujemo ili na nešto da upiremo prstom, jer nemamo takve informacije."
Portparol aerodroma je rekao da je avion bio Boeing 737-400 BA.N.
Spasilačke službe su saopštile da je avion udario u zemlju, raspao se na komade i klizio preko 100 metara prije nego što je udario u zgradu.
Policija je na konferenciji za novinare saopštila da je 12 ljudi evakuisano iz kuće koju je pogodio avion.