Sud je Mahmuljina proglasio krivim jer nije spriječio i kaznio zločine koje su počinili pripadnici Odreda “El-Mudžahidin”, jedinice iz sastava Trećeg korpusa, kojima je bio direktno nadređen. On je osuđen za zločine nad zarobljenicima, civilima i ranjenicima.
Prvostepenom presudom je utvrđeno da su pripadnici Odreda, u okviru akcija “Proljeće ‘95” i “Farz”, počinili ubistva 53 zarobljena pripadnika Vojske Republike Srpske (VRS), te nečovječno postupali prema njima i nekoliko civila.
Kako se navodi u presudi, u drugoj polovini jula 1995. u logoru Odreda “13. kilometar” jedan zarobljenik ubijen je i odsječena mu je glava, te su drugi tjerani da je ljube. Utvrđeno je da su drugim zarobljenicima u periodu od 23. jula do 23. avgusta pripadnici Odreda nanosili teške tjelesne i duševne patnje koje su za posljedicu imale polomljena rebra, izbijene zube i gubitak vida.
Prvostepeno vijeće je zaključilo da su, u okviru operacije “Farz”, u septembru 1995. pripadnici Odreda oteli zarobljenike i civile od Petog bataljona i odveli ih u logor “13. kilometar”, gdje su 52 zarobljenika ubili vatrenim i hladnim oružjem.
Dodaje se da je više zarobljenika i civila udarano palicama, šipkama, šlaufima, pesnicama, te izlagano elektrošokovima.
Mahmuljin je oslobođen dijela optužbi jer je Vijeće zaključilo da nije bio informisan o zločinima, a odbijena je jedna tačka optužnice, od koje je Tužilaštvo odustalo.
Presudom je utvrđeno da je Mahmuljin, kao komandant Trećeg korpusa, propustio da preduzme mjere kako bi spriječio zločine iako je imao razloga da zna da bi se mogli desiti, kao i da nije kaznio podređene pripadnike Odreda.
Predsjedavajući Vijeća Zoran Božić u obrazloženju je napomenuo da je Mahmuljin, znatno prije nego što je postao komandnat Trećeg korpusa, dobio zadatak od komandanta Armije BiH Rasima Delića da obavi razgovor sa predstavnicima mudžahedina o ulasku u sastav Armije BiH, nakon čega je formiran Odred.
Božić je rekao da je Mahmuljin imao autoritet i da mu je komanda Odreda vjerovala.
On je kazao da je Mahmuljin boravio u zoni dejstava u vrijeme operacije “Proljeće ‘95”. Kako je naveo, sama činjenica da pripadnici Odreda “El Mudžahidin” nisu htjeli predati zarobljene Vojnoj policiji predstavljala je zabrinjavajuću informaciju i zahtijevala da se istraži situacija.
Osim toga, kako je Božić dodao, Mahmuljin je održavao sastanke sa predstavnicima Odreda.
On je podsjetio na izjavu svjedoka koji je ispričao kako je za vrijeme operacije “Farz” obavijestio Mahmuljina o otmici zarobljenika, navodeći da mu je optuženi kazao: “Riješiće se.”
Božić je dodao da je izostala reakcija optuženog nakon što je predsjedavajući Predsjedništva RBiH nakon posjete području rekao da ima informacije o nečovječnom postupanju.
Prilikom odmjeravanja kazne, Vijeće nije utvrdilo otežavajuće okolnosti na strani optuženog, a od olakšavajućih u obzir je uzelo porodičnost, neosuđivanost, korektno držanje na sudu, neosporavanje počinjenih zločina, kao i izražavanje žaljenja zbog žrtava.
Suđenje Mahmuljinu počelo je u martu 2016. godine.
Na ovu presudu postoji mogućnost žalbe Apelacionom vijeću Suda BiH.