Linkovi

Izoliran i sekvencioniran „bosanski soj“ virusa SARS-CoV-2


Izvor: Alea genetički centar

Kada je tim sa Veterinarskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu objavio vijest da su izolovali virus SARS-CoV-2, bilo je jasno da se radi o velikoj i značajnoj stvari za bosansko-hercegovačku nauku, ali malo ko zaista razumije koliko je ovo velik i važan poduhvat.

Međutim, izolacija je bila samo jedan dio ove priče – bh. naučnici su uspjeli i sekvencionirati virus.

Znanje o SARS-CoV-2, kolokvijalno poznatom kao „koronavirus“ gradi se malim koracima, koji udruženi na globalnom planu velikom brzinom daju značajne rezultate. Svaka informacija je mali dio u velikoj slagalici našeg shvatanja virusa, njegovog porijekla, pa čak i korak bliže vakcini.

U srijedu, 3. juna 2020. objavljeno je kako je virus SARS-CoV-2 izoliran na Veterinarskom fakultetu UNSA, a u četvrtak, 4. juna obznanjeno je kako je domaći tim genetičara uspio ovaj virus i sekvencionirati iz uzoraka kliničkih slučajeva COVID-19 u BiH. Uzorci su došli iz cijele BiH, uključujući Mostar, koji je bio važno i veliko žarište, iz Zeničko-dobojskog kantona, Banjaluke, Tuzle... Najveću zaslugu za to što su uzorci postali dostupni naučnoj zajednici imala je akademkinja prof. dr. Mirsada Hukić. Bez njenog angažmana, ovaj poduhvat bh. naučnika praktično ne bi bio moguć.

Kako smo izolirali novi koronavirus SARS-CoV-2

Teufik Goletić (Izvor: Veterinarski fakultet UNSA)
Teufik Goletić (Izvor: Veterinarski fakultet UNSA)

„Imamo izolat!“, rekao je dr. Tefik Goletić s Veterinarskog fakulteta UNSA u razgovoru za Glas Amerike. Njegov mladi i mali tim studenata trećeg ciklusa studija izolirao je virus na SARS-CoV-2 relevantnim staničnim kulturama.

Postojanje izolata prvi je korak za niz drugih istraživanja i postupaka. „Izolat možemo ispitivati, možemo ispitivati karakteristike virusa, a uzorak možemo podijeliti s onima koji rade na stvaranju vakcina“, objašnjava Goletić ističući da je ovo bilo moguće zahvaljujući zalaganjima i pomoći nekoliko institucija. „Opremu pomoću koje smo ovo uradili dobili smo od Međunarodne agencije za atomsku energiju (op.a. International Atomic Energy Agency – IAEA) u Beču zahvaljujući zalaganjima dr. Ivancha Maletovskog“, naglašava Goletić.

Iz Veterinarskog fakulteta UNSA naglašavaju kako su imali podršku i Federalnog ministarstva zdravstva te UNDP-ovog Programa podrške odgovoru na COVID-19 u BiH. Same varijacije u protokolu izolacije zapravo su produkt improvizacija koje su naši naučnici morali učiniti jer naša naučna zajednica, usljed godina i godina neulaganja, nema istu startnu poziciju i mogućnosti rada na ovakvim stvarima kao susjedna Hrvatska ili mnogo bolje opremljeni laboratoriji.

Kako je SARS-CoV-2 sekvenciran genom SARS CoV 2 virusa

Dr. sc. Rijad Konjhodžić
Dr. sc. Rijad Konjhodžić

Izoliranje virusa je tek prvi dio velikog uspjeha bosanskohercegovačkih naučnika, na koji svi trebamo biti ponosni. Grupa bh. genetičara, predvođenih dr. sc. Rijadom Konjhodžićem i prof. dr. Damirom Marjanovićem, primjenom najmodernijih molekularno-genetičkih metoda, uspjela je utvrditi potpune sekvence virusa SARS-CoV-2 iz više uzoraka koji su im bili na raspolaganju.

Sekvencionirati genom virusa znači utvrditi redoslijed „slova genetičke abecede“ u tom infektivnom entitetu, odnosno to u praksi znači imati njegovu „genetičku identifikacionu kartu“. Pomoću određene sekvence, možemo identificirati virus koji je kružio u BiH i možemo ga porediti s tipovima virusa iz drugih dijelova svijeta. To nam obogućava da saznamo i kojoj virusnoj populaciji pripada onaj koji se pojavio kod nas. Poređenjem s drugim uzorcima možemo odrediti njegov razvoj, stvaranje mutacija i kretanje.

„Cjelokupni proces utvrđivanja RNK sekvence SARS CoV 2 virusa direktno iz kliničkih uzoraka iznijela je mlada ekipa okupljena u znanstveno-istraživačkom laboratoriju Alea genetičkog centra“ izjavio je dr. sc. Rijad Konjhodžić. „Ovdje posebno moram izdvojiti mladu kolegicu Lanu Salihefendić koja je odradila 'lavovski dio posla' te smo presretni smo što smo na ovaj način, isključivo vlastitim sredstvima, dali svoj znanstveni doprinos u borbi protiv ovoga virusa“, iskazao je svoje zadovoljstvo Konjhodžić. Na ovaj način stvoreni su preduslovi za dalja genetička ispitivanja SARS-CoV-2, što bi značajno trebalo olakšati borbu protiv ovoga virusa u našoj zemlji. „Ovdje treba naglasiti da ovaj uspjeh ne bi bio moguć bez velike pomoći uvažene akademkinje Hukić i Akademije nauka i umjetnosti BiH, kao i potpore eminentnih mikrobiologa, kliničara i epidemiologa iz većeg broja institucija sa područja cijele Bosne i Hercegovine, kojima se ovim putem zahvaljujemo od srca“ izjavio je Konjhodžić povodom ovoga.

U proces sekvencioniranja SARS-CoV-2 bili su uključeni i vanjski suradnici i doktorandi Internacionalnog Burch univerziteta u Sarajevu. Prof. dr. Damir Marjanović, redovni profesor Internacionalnog Burch Univerziteta ne krije zadovoljstvo postignutim rezultatima te napominje da je ovo dostignuće rezultat višemjesečnih napora cijelog jednog interdisciplinarnog tima. „Danas sam presretan kao znanstvenik jer su znanstvenici još jednom dokazali da čak i u odsustvu konkretne potpore, svojim radom i entuzijazmom postižu odlične rezultate“, kaže Marjanović i dodaje: „Siguran sam da će nam se uskoro u ovoj zajedničkoj misiji priključiti i druge znanstvene institucije, jer znanstvenici ne poznaju granice.“

Sljedeći korak je usporedba dobijenih sekvenci virusa sa sekvencama koje će generirati tim profesora Goletića, određivanje njihove filogenetske pozicije te određivanje genetičke sličnosti sa ranije sekvenciranim sojevima virusa, a nakon toga inkorporiranje u svjetsku bazu podataka i pripremanje naučne objave u čemu će sudjelovati i profesor Nihad Fejzić, ali i svi naučnici koji su dali svoj doprinos ovom dostignuću. Očekuje se da će sve navedno biti realizirano u narednih par dana.

Izvor: Alea genetički centar
Izvor: Alea genetički centar

Za nas je jako važno shvatiti karakteristike virusa SARS-CoV-2 prisutnog u populaciji Bosne i Hercegovine. Da bismo radili s virusom, on mora biti izolovan na njemu pogodnoj živoj podlozi. Postojanje takvog izolata omogućava sekvencioniranje i upoznavanje molekularnih karakteristika virusa. To su sve prvi koraci potrebni za istraživanja koja bi ponudila odgovore na pitanja unosa virusa u našu zemlju, stepen i vrstu mutacija ovdje prisutnog virusa, ali i na pitanja adekvatnosti i primjerenosti korištenih PCR dijagnostičkih testova.

XS
SM
MD
LG