U 2008. godini uočeno je više ozbiljnih problema s kojima se suočava hrvatsko pravosuđe u suđenju za ratne zločine. Hrvatska zakonodavna, izvršna i sudska vlast, kad je u pitanju ta vrsta procesa, nisu učinili kvalitativan iskorak. Ta tvrdnja navedena je u godišnjem izviješću triju nevladinih organizacija koje su u 2008. godini nadgledale 22 sudska procesa za ratne zločine pred hrvatskim županijskim sudovima.. Suđenja su nadgledali Dokumenta i Građanski odbor za ljudska prava iz Zagreba. te Centar za mir i nenasilje iz Osijeka.
Politika se, stoji u izviješću tih triju nevladinih organizacija, na nedopustiv način uplela u tijek suđenja za ratne zločine. Voditeljica Dokumente Vesna Teršelić za Glas Amerike navodi slučaj koji to najjasnije ilustrira: "Cijelu je godinu obilježila odluka Sabora o puštanju iz pritvora zastupnika Branimira Glavaša dok su druge optužene zadržali u pritvoru. Time je zakonodavno tijelo zadrlo u ovlasti pravosuđa i dovelo u pitanje koliko pravosuđe može raditi nezavisno u Hrvatskoj. Pokazalo se da je član 75 Ustava dovoljno nejasno formuliran da je takva intervencija moguća. Unatoč tome što se sad vodi rasprava o ustavnim promjenama, ni jedna stranka ne raspravlja o mogućem preciziranju ustavnog članka 75 na način da u budućnosti ne bude više moguće zaustaviti kazneni postupak protiv zastupnika u Saboru koji je optužen za ratni zločin. Ovo pitanje oko zastupničkog imuniteta ostaje nejasno i vidi se da tu nema prave političke volje".
Dio Županijskih sudova u Hrvatskoj, pred kojima se vode procesi za ratne zločine, upozoravaju nevladini aktivisti, nemaju ni tehničkih, ni profesionalnih pretpostavki za ovako složena suđenja. Pri četiri županijska suda: zagrebačkom, osječkom splitskom i riječkom prije pet godine osnovani su istražni centri za ratne zločine, ali oni u praksi, tvrde tri spomenute nevladine udruge, nikada nisu zaživjeli.
U suđenjima za ratne zločine, vodi se neujednačena kaznena politika. Nevladini aktivisti upozoravaju da je u 2008. čak 47 posto optuženih za ratne zločine, osuđeno na kazne od pet godina zatvora, ili manje, dakle ispod minimuma propisanog zakonom za tu vrstu zločina. Suđenja za ratne zločine neučinkovita su, jer se dio njih vodi uz višestruke prekide i ponavljanja. Iako se pokazalo da je praksa suđenja u odsutnosti optuženih loša jer velik broj tako provedenih suđenja zbog loše izvedenog dokaznog postupka mora u reviziju, suđenja u odsutnosti nastavljaju se. U prošloj je godini čak 39 posto optuženih za ratni zločin, osuđeno u odsutnosti. Nevladine udruge upozoravaju i na pritiske na svjedoke ratnih zločina. U postupku Branimiru Glavašu i ostalima optuženim za osječke ratne zločine, bilo je više svjedoka koji su tražili zaštitu jer im se prijetilo. Svjedoci su upozoravali da trpe pritiske i od odvjetničkih timova optuženih. Grubi oblik pritisak na svjedoke su i objave tajnih svjedočenja u postupku Glavašu i ostalima..
Obitelji ubijenih u ratnim zločinima poput Vjere Solar iz Siska čija kćer je ubijena u vlastitom stanu, ili Marice Šajatović iz Novske čijeg su supruga civila ubili pripadnici hrvatske vojske, godinama ne mogu dobiti obeštećenje za ubijene članove obitelji. Te dvije žene povele su sudske sporove u kojima su od države tražile odštetu, ali su sporove izgubile i na koncu same moraju plaćati visoke parnične troškove.
Voditeljica dokumente Vesna Teršelić misli da je krajnje vrijeme da Sabor zauzme jasan stav o žrtvama ratnih zločina i donese deklaraciju u kojoj će se jasno reći da su žrtve ratnih zločina univerzalne i da ih se ne smije dijeliti po nacionalnoj pripadnosti.
Nevladine udruge također traže od policije i državnog odvjetništva da istraže i procesuiraju ratne zločine za koje se zna da su počinjeni, ali istrage o njima trinaest godina nakon rata nisu pokrenute ili nisu privedene kraju.