Za nedavnog posjeta Europi, američka državna tajnica Condoleezza Rice često je morala odgovarati na pitanja u vezi s medijskim izvješćima o postojanju navodnih američkih tajnih zatvora u Europi, gdje se ispituju osumnjičenici za terorizam. Državna je tajnica odgovorila na ove navode rekavši da Sjedinjene Države nisu prekršile zakon te da Amerika poštuje suverenitet europskih zemalja. Reakcije washingtonskih stručnjaka na ovu kontroverzu u trans-atlantskim odnosima prikupila je Jela de Franceschi.
Na kraju europske turneje državne tajnice Condoleezze Rice većina je europskih vlada tvrdila da su njezina objašnjenja bila uvjerljiva. No, mnogi su Europljani ipak skeptični.
Emilio Viano, profesor na pravnom fakultetu sveučilišta American, ovdje u Washingtonu, kaže da u Europi mnogi s podozrenjem gledaju na vladu predsjednika Georgea Busha, pogotovo kada su u pitanju ljudska prava i zaštita građanskih sloboda. "Ovo pitanje se pojavilo nakon sličnih skandala u Afganistanu i Iraku. To jako šteti ugledu Sjedinjenih Država. Takvi slučajevi ukazuju na nesklad između riječi i djela. S jedne strane, tu je američka vizija o demokratskom svijetu, no s druge strane, i Amerika krši ljudska prava. Navodno, kako bi bila uspješna u ratu protiv terorizma. Ova kontradikcija uopće ne pomaže kada je u pitanju američki imidž u inozemstvu" - kaže ovaj profesor sveučilišta American.
Iako tvrdnje o navodnim tajnim CIA-jinim zatvorima po Europi mnoge zemlje smatraju uvredom vlastitom suverenitetu, većina se analitičara slaže da to neće dovesti do dubljih poremećaja u europsko-američkim odnosima. Anatole Lieven, iz washingtonskog think tanka New American Foundation, kaže da će neke zapadno-europske zemlje možda iskoristiti istragu američkih obavještajnih djelovanja na 'starom kontinentu' kako bi izvršile pritisak na Americi bliske istočno-europske zemlje, poput Poljske ili Rumunjske.
Pogotovo će im cilj biti slabljenje podrške tih zemalja američkoj misiji u Iraku - smatra Anatole Lieven. "Glavno će pitanje biti političke prirode, vrlo cinično pitanje. Možda će to biti iskorišteno da se te zemlje prisile da slijede određenu zajedničku liniju, na vanjsko-političkom planu. Ne bih se začudio kada bi se snažnije čuo glas prosječnog zapadno-europskog poreznog obveznika, koji bi mogao reći – 'Čekaj, zbog čega mi dajemo subvencije za poljsku poljoprivredu ili mađarsku industriju? Zašto otvaramo naša tržišta tim zemljama, kada one sada krše uvjete sporazuma o pristupanju Uniji?'"
Anatole Lieven smatra da bi kontroverza oko navodnih CIA-inih tajnih zatvora mogla obustaviti i daljnje širenje Europske unije: "U Zapadnoj Europi postoji vrlo snažna struja koja želi zakočiti taj proces. Kada bi se u istrazi primjerice ustanovilo da su u Rumunjskoj ili Bugarskoj postojali takvi tajni američki zatvori, to bi bio razlog za obustavljanje njihova članstva u Uniji, koje je najavljeno za 2007. – sve dok se taj slučaj ne raščisti."
Bez obzira na probleme na ove probleme, većina washingtonskih analitičara uvjerena je da će američke i europske obavještajne službe nastaviti surađivati u borbi protiv globalnog terorizma.