Guantanamo Bay, gdje su zatvoreni osumnjičeni za terorizam te organizatori terorističkih napada iz 2001. godine, najkontroverzniji je američki zatvor. Prvog dana boravka u Bijeloj kući predsjednik Obama je potpisao izvršnu naredbu da se Guantanamo zatvori u siječnju 2010. godine.
Njegov je plan – suditi nekima od zatvorenika na saveznim sudovima, drugima na vojnim tribunalima, a neki bi bili prebačeni u inozemstvo. Međutim, tijekom jednog senatskog saslušanja odlučeno je da će jedna skupina zatvorenika ipak ostati u Guantanamu na neodređeno vrijeme i vjerojatno bez podizanja optužnice.
Međunarodna zajednica je žestoko kritizirala Bushevu administraciju zbog držanja osumnjičenih za terorizam bez suđenja, a i sam je predsjednik Obama takvu praksu nazivao neprihvatljivom. Međutim, sada se i njegova administracija sučeljava s problemom kako i gdje suditi i zatvoriti osumnjičene teroriste.
Organizacije za zaštitu ljudskih prava kažu da cijela situacija ponovno stavlja Sjedinjene Države u nezgodan položaj i traže pošteno suđenje za zatvorene kojih sada ima 229. Niti oni niti njihovi čuvari ne znaju koliko će ih biti pušteno, koliko će ih ići na sud i koliko će biti držano u zatvoru bez suđenja.