1990-godina, ratovi i politička nestabilnost omogućili su da se al-Qaida i neke druge terorističke skupine infiltriraju na Balkan. Medjutim, američke i europske mirovne snage, pružanje pomoći te mogućnost euro-atlanskih integracija pomogli su u stabiliziranju tog područja. Nakon terorističkih napada na Sjedinjene Države od 11.rujna 2001. godine naglašena je opasnost po zemlje regije od globalnog terorizma što je rezultiralo povećanom američkom pozornošću, ali i pomaganjem u borbi protiv terorističke prijetnje. Dijelom i kao rezultat tog angažmana proizilazi ocjena mnogih stručnjaka da Balkan trenutno nije ključno područje gdje se sklanjaju ili odakle se financiraju teroristi, za razliku od Srednjeg istoka, Južne i jugoistočne Azije i Zapadne Europe.
No, naglašeno je da područje Balkana može imati sekundarnu ulogu u terorističkim planovima, kao tranzitna točka za teroriste, te kao mjesto na kojem će moći predahnuti i pregrupirati se. Stručnjaci za terorizam se, isto tako, slažu u ocjeni da bi stalni problemi na Balkanu mogli to područje ostaviti ranjivim za terorističke skupine u budućnosti» - stoji u posebnom izvješću kongresnog istraživačkog centra.
U tom se dokumentu navodi stav američke vlade prema kojem je daljnja teroristička prijetnja po Balkan važan razlog da se nastavi angažman Sjedinjenih Država u regiji te da nastojanja da se to područje stabilizira, isto tako, pomažu u borbi protiv terorizma: « Politička nestabilnost, slabe političke i zakonske institucije te siromaštvo osiguravaju plodno tlo za terorističke skupine. Sjedinjene Države imaju razne instrumente u borbi protiv terorizma na Balkanu, a jedan od njih je izravna nazočnost američke vojske u Bosni i Hercegovini te na Kosovu, a Amerika osigurava i bilateralnu antiterorističku pomoć za zemlje u regiji te razvija kontrolu izvoza iz Bosne, uključujući i kontrolu oružja za masovno uništavanje.
Sjedinjene Države, takodjer, ohrabruju regionalnu suradnju glede terorizma i medjunarodnog kriminala kroz Inicijitivu o suradnju na jugoistoku Europe(SECI). Gledano na duže staze, u nastojanjima da se regija stabilizira i na taj način je učini manje atraktivnom za teroriste, vrlo je važno i to hoće li se zemlje Balkana integrirati u euro-atlanske institucije» - stoji u posebnom izvješću kojeg je napravio Istraživački centar američkog Kongresa, koji je dio kongresne knjižnice čiji stručnjaci pripremaju posebna izvješća za potrebe zakonodavaca.
