Grupa Jemaah Islamiya se povezuje s vodećom terorističkom grupm Al Qaida.; načelo i cilj grupe je, prema njihovim deklaracijam, uspostaviti konzervativnu islamsku državu u cijelom regionu. Grupa korijene vuče u nacionalističkom pokretu Indonezije koji je započeo prije više od 50 godina. Navodni duhovni vodja grupe, Abu Bakr Bashir, trenutno je u zatvoru i čeka na početak sudjenja prema optužbama za terorizam.
