Istovremeno je ta komisija navela da FBI nije bio dobro organiziran kako bi se suočio s prijetnjom od terorizma prije napada. U danas objavljenom zivještaju, panel navodi da je FBI imao ograničene obavještajne sposobnosti, pretjerano kompleksnu pravnu strukturu i nedostatak resursa i osoblja. Bivša ministrica pravde Janet Reno je rekla da FBI nije adekvatno dijelio i rukovodio obavještajnim informacijama prije terorističkih napada 11 septembra. Ona je rekla da je terorizam bio glavni prioritet za Clintonovu administraciju, ali da je FBI naslijedio ograničen budžet i da je zaostajao u pogledu suočavanja s terorističkom prijetnjom.
Bivši direktor FBI-a Louis Freeh je rekao da je agencija znala za prijentju koju je predstavljala al-Qaida prije 11 septembra, ali da su mu nedostajali agenti, budžet i pravne ovlasti za zaustavljanje terorističkih aktivnosti. Ministar pravde John Aschroft danas također svjedoči i očekuje se da će se suočiti s teškim pitanjima zbog navoda da je ignorirao terorizam prije napada i da je samo dan prije napada odbio zahtjev FBI-a za dodatnim fondovima za borbu protiv terorizma. Pred komisijom se sutra pojavljuju direktor CIA-e George Tenet i trenutni šef FBI-a Robert Muller.
