Makedonija se 2001. godine suočila sa pobunom makedonskih Albanaca. Uz asistenciju NATO saveza, predsjednik Trajkovski je značajno doprinio uspostavljanju prekida oružanih sukoba i vodio razgovore predstavnika stranaka zastupljenih u makedonskom parlamentu koji su u avgustu 2001. kulminirali mirovnim sporazumom. Krajem te godine makedonska vlada je pripremila amandman na ustav kojim je počeo proces usvajanja zakonske regulative o pravima manjina u Makedoniji, uključujući i albansku zajednicu.
Nakon parlamentarnih izbora održanih u septembru 2002. godine u sastav multietničke vladajuće koalicije ušao je i jedan predstavnik albanske stranke čiji su članovi, pored ostalih, bili i pobunjenici iz 2001. godine.
Makadenskim ustavom sada su priznata prava manjinskih grupa. Albanski jezik je ozvaničen kao službeni jezik u makedonskom parlamentu i na osobnim dokumentima. Zabilježeno je i povećanje predstavnika manjina u vladajućim institucijama. Univerzitet u Tetovu je i zvanično visoko-obrazovna institucija na albanskom jeziku.
Makedonija je ostvarila veliku političku stabilnost, istakao je američki državni sekretar Colin Powell, sjećajući se i svojih prvih dana na toj funkciji i tragično nastradalog predsjednika Trajkovskog:
POWELL: Kada sam u januaru 2001. godine imenovan na funkciju državnog sekretara jedno od prvih pitanja sa kojima sam se morao nositi bila je kriza u Makedoniji. Zemlja se cijepala, a novi predsjednik - bio je to Boris Trajkovski - bio je pred ogromnim poteškoćama i velikim mukama kako riješiti probleme sa kojima se suočavao. Radili smo zajedno na tim problemima i Makedonija je sada država na stabilnim temeljima.
Makedonija snažno podržava opći rat protiv terorizma, njeni vojnici nalaze se uz američke u Afganistanu i Iraku. Poginuli predsjednik Boris Trajkovski uložio je ogroman napor kako bi Makedonija bila primjer tolerancije i suživota u regionu, etnički veoma izmiješanom i raznolikom.
