Državni ustav BiH, kao i entitetski ustavi, oba pružaju slobodu vjere, i pojedinci obično uživaju ovo pravo u etnički integiranim područjima ili u područjima u kojima predstavljaju većinu.
Međutim oni koji prakticiraju vjeru u većinom etnički homegenim područjima gdje su manjina imaju ograničena prava na vjeru, što se ponekad nasilno ograničava. Državni zakon o vjerskim slobodama također daje sveobuhvatna prava vjerskim zajednicama, kaže se u izvještaju State departmenta za 2006. Također se navodi da se poštovanje vjerskih sloboda nije promijenilo u pomenutom periodu. Muslimanske, rimo-katoličke i srpske pravoslavne vjerske zajednice su izvijestile o znatnom broju napda na vjerske objekte. Izvjestan broj ilegalno izgrađenih vjerskih objekata je i dallje uzrokovao etničke i vjerske napetosti isukobe u brojnim zajednicama. Vjerske zajednice su i dalje podržavale i zagovarale povratak izbjeglica njihovim zajednicama. Međutim broj povratnika se znatno smanjio tokom pomenutog perioda. Proces povratka je bio onemogućen nedostatkom fondova za obnovu kuća i infrastrukture, nesposobnosti lokalnih vlada ili njihovoj nevoljnosti da obezbjede potrebne usluge kako bi se omogućili povratci,kao i nedostatak mogućnosti za zapošljavanje. U izvještaju State departmenta vezanom za BiH se dodaje da je vjerska netolerancija u zemlji direktno odražavala etničku netoleranciju zbog nemogućnosti identifikacije etniciteta s postovjećivanja s vjerom. Bošnjaci se obično vezuju za islam, bosanski hrvati za rimokatoličku crkvu, a bosanski srbi sa srpskom pravoslavnom crkvom. Jevrejska zajednica i dalje ima veoma malu, ali važnu prisutnost u bosanskom društvu. Usprkos ustavnim i zakonskim provizijama koje štite vjerkse slobode, diskriminacija vjerskih manjina je zabilježena u gotovo svim dijelovima zemlje. U nekim zajeednicama, lokalni vjerski lideri i političari su doprinijeli netoleranciji i povećanju nacionaslitičkih osjećanja putem javnih istupa i, ponekad, tokom molitvi. Vjerski simboli su često zloupotrebljavani u političke svrhe, kaže se u izvještaju State departmenta. Činovi antisemitizma protiv male jevrejske zajednice u BiH su bili relativno rijetki. Američka vlada razgovara o pitanjima vjerskih sloboda s vladom i liderima 4 tradicionalne vjerske zajednice u BiH kao dio njene sveobuhvatne politike za promoviranje ljudskih prava i pomirenja. Američka ambasada u Sarajevu podržava vjerske zajednice u njihovim nastojanjima da povrate imovinu koju je nacionalizirala komunistička vlada bivše Jugoslavije nakon drugog svjetskog rata. Ambasada je takodjer pomogla manjim kršćanskim zajednicama da dobiju pravnu registraciju svojih crkava u BiH. Uz to, amabsada je i dalje dio aktivnog programa s vjerskim zajednicama na svim nivoima, uključujući i organiziranje govora američkih akademika i predavača koji posjećuju BiH, susrete s vjerskim organizacijama, i podržavanje univerzitetskih programa između sarajevskog univerziteta i Univerziteta u Arizoni kako bi se oformio odjel za komparativne vjerske studije.
