Dok je organizirao ubijanje nesrpskog stanovništva po Bosni i Hercegovini, za zasluge ga je promoviralo predsjedništvo tadašnje Jugoslavije, Srbije i Crne Gore. Kada ga je Haag optužio za najgore zločine protiv civila, za opsadu Sarajeva i srebrenički masakr, mirno je živio u Beogradu, slikao se na nogometnim utakmicama, no s pojačavanjem međunarodnih pritisaka na izručenje, nestao je.
Prva haaška optužnica podignuta je 25. srpnja 1995. godine. Druga je podignta u jesen iste godine, kada je dodana Srebrenica, a bila je izmijenjena u studenom 2002. godine.
Na osnovu individualne i zapovjedne odgovornosti Mladić se tereti za genocid i suučesništvo u njemu, progone, istrebljenje i ubojstva, deportaciju, nečovječno postupanje i teroriziranje te okrutno postupanje i napade na civile kao i za uzimanje UN-ovaca kao talaca. Sve skupa, najteža haaška optužnica sadrži teške povrede prava i običaja rata te zločine protiv čovječnosti.
Mladićev krvavi trag vodi po općinama bosanske Krajine i istočne Bosne, preko surove opsade Sarajeva do Srebrenice, kada je iza snaga kojima je zapovijedao ostalo 7.800 ubijenih muškaraca iz opsjednute i navodno zaštićene enklave. U Potočarima su kamere zabilježile kako zatočenicima, već osuđenim na smaknuće, obećava da im se ništa neće dogoditi. Snimljeno je i što je kazao uoči početka operacije, 'napokon je došao trenutak da se nakon bune protiv dahija osvetimo Turcima'.
Srebrenica je proglašena genocidom. Haag ga nikada nije optužio za zločine po Hrvatskoj. Glavni je akter rata konačno završio 16-godišnji bijeg pred međunarodom pravdom.
