Pobjedu na predsjedničkim izborima Ive Josipovća, kandidata SDP-a koji nije vjernik već se izjašnjava kao agnostik, vrh Katoličke crkve dočekao je prilično hladno. Hrvatski mediji su primijetili da je Josipoviću na izbornoj pobjedi čak i američki predsjednik Obama čestitao prije nego predstavnici Katoličke crkve. Čestitka predsjednika Hrvatske biskupske konferencije Marina Srakića Josipoviću je stigla tek u utorak popodne, a kardinala Josipa Bozanića u četvrtak, tri dana nakon proglašenja službenih rezultata izbora.
Za Josipovća je u drugom krugu glasalo nešto više od milijun i tri stotine tisuća birača, pa je očito da su za njega glasali i brojni vjernici - katolici. Komentatorica Jutarnjeg lista Jelena Lovrić konstatirala je da su se na predsjedničkim izborima 10.siječnja crkvena hijerarhija i vjernici našli na suprotnim stranama. Iako je Katolička crkva zauzela načelni stav neutralnosti u netom održanim predsjedničkim izborima, hijerarhija Katoličke crkve ipak se u drugom krugu predsjedničkih izbora svrstala na stranu jednog kandidata Milana Bandića.
Kardinal Josip Bozanić primio je Bandića tjedan dana prije održavanja drugog kruga izbora, a vrh Katoličke crkve nije se e energično ogradio kad je Bandić nekoliko dana nakon toga susreta izjavio da uživa podršku hrvatskih biskupa i čitave crkvene hijerarhije. I oltari i ispovjedaonice korišteni su za agitiranje za Milana Bandića.
Drago Pilsel, teolog i novinar, a danas savjetnik u uredu za odnose s javnošću novoizabranog predsjednika Ive Josipovića podsjeća da se Josipović u rujnu prošle godine također sastao s kardinalom Bozanićem, a tijekom kampanje i s biskupima Devčićem, Mrzljakom te kardinalom Vinkom Puljićem. Ti su susreti, međutim, ističe Pilsel, bili privatne naravi i nisu razglašavani „na sa zvona“ Zato Pilsel ne zamjera kardilanu Bozaniću što se sastao s Bandićem, ali smatra nedopustivim termin toga susreta , tjedan dana prije održavanje drugog presudnog kruga izbora. Pilsel dodaje:
„Dopustiti da se to pretvori u medijski spektakl sa strane Kaptola odnosno njegovih savjetnika i pomoćnih biskupa je bilo neprimjereno, Dakle, to nije bio jedan tihi susret, s obzirom da se oni dobro poznaju. Dalo se to na „velika zvona“, nije bilo demantija nakon što je Bandić rekao da uživa podršku kardinala Bozanića, premda Bozanić nije izričito dao nikome podršku i mi smo dalje vjerovali i želimo vjerovati da je HBK kao zbor svih biskupa ostala neutralna. Međutim, ponavljam dio biskupa nije bio neutralan, no Josipović je bez obzira na to odlučio ne zaoštravati tu nezgodnu situaciju i on misli da će dijalogom i svojim ponašanjem pokušati konačno naći zajednički jezik s biskupima. On je proučio socijalni nauk Crkve, proučio je temeljne dokumente Katoličke crkve od Drugog vatikanskog koncila na ovamo. I biskupi znaju da Josipović uči, da je vrlo temeljit i vrlo pedantan u svemu što radi, tako da je bilo jako važno da ga oni, iako je kandidat SDP-a, ne prihvate onako kako su neki biskupi dočekali predsjednika Mesića. Sjetite se, kad je Mesić postao predsjednikom polovica biskupata ga nisu došli pozdraviti“.
Crkveni vrh novoizabranom predsjedniku nije poslao poruku samo odugovlačenjem s čestitkom. Urednik Glasa Koncila Ivan Miklenić u uvodniku objavljenom u postizbornom broju tih novina ističe da Josipovićev izbor nije demokratski iskorak za Hrvatsku. Miklenić ne dovodi u pitanje legalnost i legitimnost novoizabranog predsjednika, ali ističe da je izabran glasovima manje do jedne trećine hrvatskih birača, da uz stranke koje su ga javno podržale, iza Josipovića stoje i određeni centri moći skriveni od očiju javnosti, ne precizirajući o kojim se centrima radi.
Centri moći su, prema uredniku Glasa Koncila, snažno podupirali nerealne ambicije nekih desnih kandidata i tako spriječili pojavljivanje snažnog kandidata desnog centra. Miklenić tvrdi da je Josipović uživao i podršku umirovljenog vojnog establishmenta. Evo kako Drago Pilsel gleda na uvodni komentar urednika Glasa Koncila:
„Da to je još jedan dokaz da predstavnici Crkve ne znaju osluškivati ono što se od Koncila naovamo traži, a to je sposobnost interpretiranja znakova vremena. Znak ovoga našeg vremena jest da je Josipovićev agnosticizam apsolutno irelevantan vjernicima, da su vjernici prepoznali u Josipoviću stručnjaka, moralnu osobu, koja ih može apsolutno kvalitetno predstavljati i zastupati sve njihove interese, tako da su vjernici mahom glasali za Jospovića. To što Ivan Miklenić, kao glavni urednik Glasa Koncila nastavlja vrijeđati političke predstavnike koji nisu po njegovu ukusu, pa tvrdi da se o pobjedi Ive Josipovića ne može govoriti kao o demokratskom iskoraku, to ide samo na sramotu kanonika Ivana Miklenića, koji, usput rečeno, ima apsolutnu podršku u svemu što radi od nadbiskupa Josipa Bozanića koji je izdavač Glasa Koncila. Dakle, on se poslije pokušao malo izvući iz toga ustvrdivši da je on ipak u tome članku rekao da je Josipović legitimno izabrani predsjednik, međutim sva intonacija i ponavljanje kako je Josipović izabran do tajnih centara moći, samo što nije rekao da je mason, ili tako nešto, govori u prilog moje teze, a ja je godinama ponavljam, a to je da Glas Koncila ne predstavlja ono što bi trebalo, a to je duh i riječ koncila. Oni su jedna anti- koncilska ili protu-koncilska ili pred-koncilska novina koja ne razumije demokraciju. Mislim da su oni duboko posvađani sa suvremenim društvom“.