Budimira se teretilo da je kao predsjednik Federacije BiH, samoinicijativno ili nakon intervencija različitih osoba, među kojima i osoba iz političkog života, kao i osoba iz kriminalnog miljea, zloupotrijebio položaj i ovlasti predsjednika FBiH, na nezakonit način izvršio pomilovanja, oslobađanja od kazni zatvora, te brisanja iz kaznene evidencije za osobe osuđene na različite zatvorske kazne.
Teretilo ga se i za zloupotrebe položaja ili ovlasti nezakonitim plaćanjem računa te kupovinom odjeće i drugih predmeta za ličnu upotrebu, koji su kupljeni budžetskim sredstvima.
Predmetom su bili obuhvaćeni i Suad Kulosman, Željko Asić i Armin Kulovac koji su priznali krivična djela i sklopili sporazum s Tužilaštvom. Osuđen je Petar Barišić, za kojim je raspisana potjernica. Protiv pomoćnik ministra pravde FBiH Hidajeta Halilovića istraga je obustavljena jer nije bilo dokaza da je učestvovao u krivičnim djelima.
Predmet je prvobitno vodilo Tužilaštvo BiH, nakon čega je on prebačen na kantonalni nivo. Suđenje je trajalo gotovo četiri godine.