Optužnica protiv Slobodana Miloševića, popraćena brojnim dokazima, potvrđuje da je cijela kampanja stvaranja “Velike Srbije” bila pažljivo organiziran plan. Krajem rujna planiran je nastavak suđenja Miloševiću po točkama optužnice vezanim uz događaje u Hrvatskoj i BiH. Stvaranje "Velike Srbije" putem "oslobađanja" teritorija i njihovog povezivanja s "Majkom Srbijom" na samom početku devedesetih bio je organiziran, dugo pripreman i planiran proces, a plan je proveden uz teške povrede međunarodnog ratnog i humanitarnog prava. Odgovornost za zločine ne nose državni organi već pojedinci koji su ih kontrolirali kako bi sproveli svoje zločinačke ciljeve.
Ovo je osnovna teza preostalog dijela otpužnice haaškog Tribunala za ratne zločine protiv Slobodana Miloševića, "čovjeka s kojim su povezane sve institucije", od lokalnih, nelegalnih organa uprave po "Krajini" do predsjedništva SFRJ.
U pripremnom materijalu za nastavak suđenja Miloševiću haaško je Tužiteljstvo podastrijelo dokaze tezi o planu. Plan je imao točno označen način provedbe, počinjao je naoružavanjem srpskih civila, nastavljao se deklaracijom o autonomiji velikih dijelova Hrvatske i potom Bosne i Hercegovine, što nije pokrivalo samo područja s većinskim srpskim stanovništvom, potom preuzimanje javnih institucija ili, ukoliko to nije bilo moguće, uspostavljanje paralelnih struktura vlasti.
U provedbu su bili uključeni JNA, paramilitarci, ministarstva obrane, policija, nakon čega je slijedila sistematska kampanja entičkog čišćenja ne-Srba, pljačka, zastrašivanje i ubijanje, zatočenje i sistematsko uništavnaje sakralnih i kulturnih objekata.
Haaški istražitelji slijede elemente pripreme provedbe plana do osamndesetih, pozivajući se na velik broj izvora, uključivši interviewe, članke, izjave, vojne analize pa i zapisnike prisluškivanih telefonskih razgovora. Od početka devedesetih Milošević je osiguravao sve vrste podrške Srbima van Srbije, a u zločinima spomenutim u Miloševićevoj optužnici aktivnu su ulogu odigrali pripadnici JNA i paramilitarne jedinice.
Milošević je utjecao na odluke vodstava hrvatskih i bosanskih Srba putem izravnih kontakata – o čemu svjedoče snimci telefonskih razgovora – a jedna od onih negacija navodne "slučajnosti" jeste odlazalk lidera kninskih Srba Babića u Beograd po instrukcije dva dana uoči početka tzv. "balvan revolucije". Karadžić je, primjerice, s Miloševićem, prema vlastitoj izjavi medijima, bio u vezi "svakodnevno".
Posebnu je ulogu odigrala raširena srpska propaganda s često lažnim, pretjeranim, namještenim pričama o nasilju nad Srbima. Ovu je epizodu Tužiteljstvo posebno pažljivo obradilo.
U ožujku 1991. godine Borisav Jović i Veljko Kadijević su koordinirano stvarali izvanredno stanje u tadašnjoj federaciji kako bi Milošević mogao izboksati njemu zadovoljavajuće političko rješenje.
Federacijom su tada rukovodila dva paralelna tijela, s tim da je nelegalni sustav odlučivanja imao sav utjecaj. Akcije hrvatskih Srba financirane su iz Beograda. "Hrvatska se može otcijepiti, dozvolit ćemo joj to, ali uz granice koje nama odgovaraju", zabilježen je ovaj telefonski dijalog optuženoga s Kardžićem.
Milošević je sam proizvodio dokaze protiv sebe, poput govora u veljači 1992. godine gdje je obrazložio da vojska provodi ustavnu ulogu skupa s velikim brojem srpskih dobrovoljaca poslatih na front u Hrvatskoj i da Beograd naoružava Srbe van Srbije.
Tužiteljstvo nije do kraja rasvijetlilo razmjere Miloševićevog nadzora nad JNA mada tvrdi da je od 5. srpnja 1991. godine Milošević preuzeo potpunu kontrolu.
Kratkotrajno uhićenje Milana Martića u rujnu 1991. godine od strane policije u BiH je, rekonstrukcijom prisluškivanih telefonskih razgovora, Tužiteljstvu dalo punu sliku zapovjedne mreže budući da su za Martića intervenirali svi - od Miloševića, preko kompletnog vodstva bosanskih Srba do kninskih vođa i, naravno, vrha JNA.
Incident s Martićem posebno je dobrodošao Karadžiću koji je, prema telefonskom rujanskom razgovoru s Milanom Babićem, zaključio da je vrijeme "raskrstiti s Muslimanima". Karadžić je tada prvi put spomenuo opsadu Sarajeva.
Napadi na hrvatske gradove naređivani su iz Beograda. Čak je i za korištenje željezničkih pruga u BiH tražena suglasnost Boegrada – naročito kada je njima prevoženo naoružanje za "goloruke" bosanske Srbe.
Optužnica je obradila usporednu izgradnju novog aparata vlasti praćenu pripremama za rat. Srpska strana je s hrvatskim predsjednikom Tuđmanom, prema transkriptima Tuđmanovih razgovora sa Nikolom Koljevićem, dogovorila tzv. "humano preseljenje stanovništva". Franjo Tuđman je insistirao na, citiram, "civiliziranoj razini".
Provedba političkih ciljeva vodstva bosanskih Srba u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini ovisila je o efikasnosti oružanih snaga, prvo JNA, potom paramilitaraca a u Bosni i Herecgovini Vojske bosanskih Srba.