Prilikom prvog pojavljivanja pred sudskim Vijećem haškog Tribunala za ratne zločine pod predsjedavanjem Wolfganga Schomburga Mile Mrkšić je izjavio da se ne osjeća krivim za svih šest točaka optužnice znane kao 'Vukovarska bolnica'. Mrkšića optužnica potvrđena u prosincu 1997. tereti za osobnu krivičnu odgovornost kao i odgovornost nadređenoga za dvije teške povrede Ženevskih konvencija, dvije teške povrede prava i običaja rata te dvije točke zločina protiv čovječnosti, ukratko, za ratne zločine mučenja, okrutnog postupanja i ubijanja.
Dokaže li mu se dogovornost za smrt 200 osoba iz vukovarske bolnice odvedenih po padu grada na imanje Ovčaru i tamo smaknutih, Mrkšić se suočava s maksimalnim kaznom doživotnog zatvora. Mrkšić je optužen skupa sa Veselinom Šljivančanom i Miroslavom Radićem. Takozvana 'vukovarska trojka' smatra se odgovornima za akcije JNA i paramilitaraca koje su, izmešu ostaloga, rezultirale masovnim smaknućem ljudi iz gradske bolnice. Mrkšić je zapovijedao Gardijskom brigadom JNA – jedinica je vodila operaciju osvajanja Vukovara. Za 'zasluge' u borbi promoviran je u generala jugoslavenske vojske a ostatak karijere odradio je u snagama vojske Republike Srpske Krajine. Njegov je odvjetnik Miroslav Vasić najavio da će zatražiti Mrkšićevo privremeno oslobađanje radi slabog zdravlja.