Predsjednik Bush je brzo reagirao i svega nekoliko dana nakon ostavke direktora Središnje obavještajne agencije, CIA-e, Portera Gossa, nominirao za njegovog nasljednika generala Michaela Haydena.
Nakon manje od dvije godine provedene na dužnosti direktor CIA-e, Porter Goss, u petak je predsjedniku Bushu podnio ostavku. Za njegov iznenađujući odlazak nije naveden nikakav razlog. No dužnosnici administracije pokušavaju odbaciti bilo kakvo viđenje da je Goss otpušten. Govoreći o nominaciji generala Haydena za novog direktora CIA-e, krovni direktor američkog obavještajnog sektora, John Negroponte, rekao je da je Goss znao kako je njegova misija ograničena.
"Vjerujem da je Porter sam govorio o sebi kao o tranzicijskom čelniku. Predsjednik je jednostavno osjetio da je ovo dobro vrijeme za promjenu čelništva kako bi se stvari pokrenule naprijed i učvrstile reforme kojima je rukovodio gospodin Goss."
Međutim, prema većini izvora, Gossovo obnašanje dužnosti direktora CIA-e bilo je prilično burno. Nekoliko visokih dužnosnika je dalo ostavke ili otišlo u mirovinu nakon što su se sukobili s osobljem koje je Goss doveo iz Odbora za obavještajna pitanja Zastupničkog doma Kongresa. Evo što kaže Tyler Drumheller, bivši direktor CIA-e za europske operacije.
"Mislim da je njegovo osoblje donijelo sobom osobne interese i ideje kao na primjer stav da ljudi u CIA-i nisu lojalni predsjedniku. Neke stvari koje Gossovo osobljen nije željelo čuti ocjenjene su kao nelojalnost. To je dovelo do nekih sukoba i odlaska skupine ljudi."
Drumheller, koji je radio pod Gossom tri mjeseca prije nego li je i sam otišao u mirovinu, kaže da je jedino iznenađen trenutkom Gossovog odlaska.
"Moglo je se osjetiti gomilanje negativnog raspoloženja prema Gossu tijekom mjeseci. Očekivao sam da će otići, ali ne prije kongresnih izbora u studenome. U tom slučaju bio bi na čelu CIA-e nešto više od dvije godine što je okrugli broj. Isto tako, prije izbora ne bi bilo procesa potvrde novog direktora u Senatu."
Goss je bio na čelu CIA-e u razdoblju u kojem je promijenjen i opis njegovog posla. Do 2004. godine direktor CIA-e bio je i glavna osoba za čitav američki obavještajni sektor. No to se promijenilo kada je uspostavljena dužnost krovnog direktora obavještajnog sektora na koju je postavljen John Negroponte.
Neki drže da je Goss bio razočaran zbog toga što on nije dobio taj posao. Analitičari vjeruju da će predsjednikov kandidat za novog direktora CIA-e, Michael Hayden, naići na početne sumnje u CIA-i. Kako bi se zadržao civilni karakter CIA-e većina direktora nisu bili aktivni djelatnici oružanih snaga. Pored toga, kaže Tyler Drumheller, tajne operacije – što je glavni posao CIA-e - nisu jača strana generala Haydena.
"Bilo bi bolje kad na čelu CIA-e ne bi bio vojni časnik. Glavno iskustvo generala Haydena je u elektronskom prisluškivanju i upravljanju. On je dobar administrator, vjerojatno bolji od Gossa, no ne znam kako će CIA funkcionirati u operacijskom smislu."
Direktor nacionalnog obavještajnog sektora, John Negroponte, stao je u obranu nominacije generala Haydena za direktora CIA-e. U pokušaju ublažavanja bojazni među djelatnicima CIA-e, Negroponte je izjavio da administracija pokušava privoljeti bivšeg zamjenika direktora za operacije u CIA-i, Stephena Kappesa, da se vrati iz mirovine i bude zamjenik generala Haydena. Kappes je vodio sve tajne operacije CIA-e te je s Libijom dogovorio njeno odbacivanje oružja masovnog uništavanja. On i njegov zamjenik dali su ostavke u studenome 2004. godine nakon navodnog sukoba s Porterom Gossom i njegovim ljudima.
